Котовський був убитий 6 серпня 1925 року під час відпочинку на своїй дачі в селищі Чабанка (на чорноморському узбережжі за 30 км від Одеси) Мейєром Зайдером на прізвисько Майорчик, який був у 1919 році ад'ютантом Ведмедика Япончика.
На світанку того ж дня Зайдера заарештували. Під час слідства та на суді він повністю визнав свою провину, щоправда, часто змінював свідчення. Так, на слідстві він стверджував, що застрелив Котовського з ревнощів, а на суді заявив, що вбив його тому, що той не підвищив його службовими сходами.
6 серпня 1925 року Григорій Котовський був убитий. Трагедія трапилася поблизу Одеси, у Чабанку. Врятувати командира червоноармійців намагалася його дружина. Винуватцем події став підлеглий Григорія Мейєр Зайдер.