1971 року був призваний до Радянської Армії і до 1974 року служив на Тихоокеанському флоті в Приморському краї, отримав звання старшого матроса. Після повернення з армії повернувся на роботу на олійний завод, де працював до 1976 року.
Рустам Емомалі одружився у червні 2009 року з племінницею відомого таджицького підприємця Мустафи Давлатова (нині покійний) — засновника та колишнього керівника великої в країні кондитерської фабрики «Ширін». Сім'я Давлатових вважається однією з найвпливовіших та найзаможніших сімей у Таджикистані.
Рустам Емомалі РахмонОзода РахмонТахміна РахмоноваПарвіна РахмоноваРухшона РахмоноваФіруза Рахмонова Емомалі Рахмон/Діти