Протипоказанням для проведення такої процедури є гострий запальний процес, кровотеча неясного походження, порушення згортання крові, а також ниркова або печінкова недостатність, вагітність.
Іноді замість цистоскопії можна застосувати УЗД сечового міхура, комп'ютерну або магнітно-резонансну томографію тазу та заочеревинного простору, рентгенівські дослідження.
Ускладнення після цистоскопії інфекції у порожнині сечового міхура; поява циститу чи ерозії сечового міхура; травматичні ускладнення (розриви уретри, зустрічаються під час проведення цистоскопії у чоловіків); перфорація сечового міхура (прокол стінки сечового міхура, що супроводжується витіканням сечі).
Вона проводиться для виявлення проблем у сечовивідних шляхах та сечовому міхурі, таких як непрохідність сечівника або пухлини сечового міхура. Цистоскопія виконується за допомогою тонкого порожнистого приладу з підсвічуванням, який називається цистоскоп.