Під час битви у місті Автоботів у 2005 році Оптімус Прайм був убитий Мегатроном. Однак через два роки, коли у Всесвіт були випущені бацили Чуми Ненависті, що викликали епідемію, яка загрожувала знищити все живе, Прайм був воскресений до життя, оскільки тільки він один міг перемогти Чуму, використавши силу Матриці.
Під час битви у місті Автоботів у 2005 році Оптимус Прайм був тяжко поранений у поєдинку з Мегатроном. Хоча бій закінчився перемогою Прайма, його рана виявилася смертельною, і незабаром він помер, передавши Матрицю лідерства своєму другові Ультра Магнусу.
В лісі Оптимус бився проти Мегатрона, Старскріма і Гріндора, зумівши вбити останнього. Однак і сам Прайм був убитий ударом у спину, перш ніж інші автоботи наспіли на допомогу. Його тіло привезли на базу NEST.
Сентінел Прайм – За версією фільму «Трансформери 3: Темна сторона Місяця» був безпосереднім попередником Оптимус Прайма на посаді лідера автоботів, але згодом перейшов на бік десептиконів.