За неможливості проведення ендоскопічною діагностики необхідно провести капсульну ФГДС або менш інформативні діагностики у комплексі, наприклад: лабораторна діагностика + УЗД, лабораторна діагностика + МРТ тощо.
Альтернатива: гастроскопія без ковтання зонда Йдеться про обстеження за допомогою невеликої відеокапсули, яку заковтує пацієнт, або капсульної ендоскопії. Цей пристрій трохи більше звичайної таблетки, тому легко проковтується і не викликає хворобливих відчуттів.
МРТ використовують як альтернативний спосіб за наявності протипоказань до КТ (вагітність, алергія на контраст тощо). Магнітно-резонансна томографія здатна доповнити результати ФГДС.