Сіндзі, злившись з усіма душами світу, знову розглядає власне життя, осмислює її та свої бажання. Цього разу йому допомагають його мати, душа якої перебувала у Єві-01, Рей та Каору. Зрештою Сіндзі розуміє, що навіть у болю не можна завжди ховатися від людей. Він хоче зупинити комплементацію.
Розуміючи, що Євангеліон: Модуль-01 вирвався з ГеоФронту, Гендо каже Рей, що єдиний спосіб знову побачити Юї – це заборонений союз Адама та Ліліт. Він вставляє свою праву руку (у якій був Адам) у тіло Рей, щоб ініціювати вдосконалення. Тим часом, Сіндзі продовжує кричати після смерті Аскі.
Вони зроблені Сіндзі. Там написані імена всіх головних героїв крім Аянами Рей. Сіндзі душить Аскувона гладить його, він починає плакати. Вона каже "ідіот, я не дозволю такому, як ти, вбити мене" (слово "ідіот" було прибрано, вся фраза в результаті перероблена).
Рей яка вибрала спокій полетівши разом з Юй у далекий космос де вони наодинці житимуть вічно. Аска зовсім не ненавидить Сіндзі, навіть під час комплементації вони зрозуміли, що люблять один одного. Цікаво.