Довгий час горбаті кити були об'єктом китобійного промислу, який сильно скоротив їх чисельність. Вихідна населення, ймовірно, складалася з 125-150 тис. особин; в даний час становить від 30 до 60 тис. особин (точна оцінка утруднена через площу ареалу горбатого кита).
У 2003 році фахівці-генетики спробували з'ясувати, скільки китів було в океанах на початок китобійного промислу. За отриманими ними даними, лише в Атлантиці мешкало близько 240 тисяч горбатих китів, а зараз їх лише 11,6 тисяч.
В даний час, незважаючи на вжиті заходи охорони, синій кит як і раніше, дуже рідкісний — загальна чисельність не перевищує 10 000 особин, і для підтримки його стабільного поголів'я потрібні нові охоронні заходи.