Організаційно РСЧС складається з територіальних та функціональних підсистем і має 5 рівнів: федеральний, регіональний, територіальний, місцевий та об'єктовий.
а) на федеральному рівні – Національний центр управління у кризових ситуаціях; б) на міжрегіональному рівні – центри управління у кризових ситуаціях регіональних центрів; в) на регіональному рівні – центри управління у кризових ситуаціях основних управлінь МНС Росії з суб'єктів РФ.
У РСЧС встановлено три режиму функціонування. За відсутності загрози виникнення надзвичайної ситуації органи управління та сили РСЧС функціонують як повсякденну діяльність.