Знімали «Фарватер» по всьому Радянському Союзу, на Балтійському морі, Балаклаві в районі Севастополя. Зйомки підводного човна відбувалися в Одеському порту. Туди спеціально пригнали підводний човен.
Дія фільму відбувається 1944 року на Балтійському морі. Виконуючи бойове завдання, командир торпедного катера Борис Шубін випадково виявляє. секретний фарватер німецький підводний човен без розпізнавальних знаків.
Роль коханої Шубіна виконала Лариса Гузєєва.