Його додають у супи та салати, соуси та рагу. Маринують, запікають, фарширують, використовують при приготуванні хліба та несолодкої випічки. Також перець використовують у рецептах рагу, салатів, желе, варення, напоїв. Часто халапеньо використовують для приготування соусу песто.
Халапеньо має антимікробну, противірусну, болезаспокійливу дію. Як та будь-який пекучий продукт, маринований халапеньо Необхідно використовувати з обережністю. Він не рекомендується при гастритах, виразці шлунка, захворюваннях печінки.
Перець халапеньо слід вживати з обережністю при захворюваннях кишечника, шлунка, печінки та нирок, тому що в ньому багато грубої клітковини та ефірних олій.