При легких формах стоматиту лікування зводиться до зрошення ротової порожнини антисептиками: розчин фурациліну (1: 5000), 3% розчином пероксиду водню (2 столові ложки на 1/2 склянки води), розчином калію перманганату (1: 6000), настої ромашка, шавлії.
Для боротьби з герпетичним стоматитом застосовується Ацикловір, Зовіракс, у деяких випадках доцільне застосування інтерферонів. При лікуванні грибкового стоматиту лікар може призначити Мікозон, Леворін, ністатинову мазь тощо.
Для обробки ротової порожнини необхідно чайну ложку соди розвести в склянці теплої кип'яченої води, після чого обернути шматок марлі навколо чистого пальця і протерти піднебіння, внутрішню поверхню щік, ясна і простір під'язично дитини, періодично макаючи палець у розчин.