Річки: Тобол, Тогузак, Аят, Убаган. Озера: Кушмурун, Койбагар, Теніз, Тюнтюгур.
До
- Кайгара (озеро)
- Каракаміс (озеро, Костанайський район)
- Караколь (озеро, Костанайський район)
- Кашилівське
- Кепебайколь (озеро)
- Кокпекти (озеро)
- Конайколь
- Корчагіне (озеро)
Головні річки – Іртиш і його два ліві притоки, Есіл і Тобол. Найбільші озера – Кусмурин і Сари Копа Костанайській області, Тенгіз та Коргалджин в Акмолінській,Шагала,Шортан та Бурабай у Північно-Казахстанській області.
Річна кількість опадів 250-300 мм на півночі області та 240-280мм на півдні. Вегетаційний період 150-175 діб на півночі та 180 діб на півдні. В межах області налічується близько 300 дрібних рік. Найбільші річки – Тобол (800 км в межах області) з притоками та Торгай (390 км).