Зимують у норах, під стволами повалених дерев. Ящірка спритна мешкає на галявинах, узліссях, в сухих борах, на пагорбах, в дрібнолессі, на вирубках, узбіччям доріг.
Вони влаштовуються у водоймах: струмках або невеликих річках, де їм буде достатньо кисню. У стані анабіозу дихають вони шкірою. Деякі з них зимують на суші: у норках чи під товстим шаром листя.
Крім сосняків, вона живе у дібровах, березняках. У ялинових лісах прудка ящірка помічено лише на ділянках молодих посадок. Рідше вона зустрічається у вільшаниках (близько 9%). Лугові біотопи також відносяться до звичайних для прудкої ящірки (головним чином суходольні та заплавні річкові).
У холодних регіонах ящірки поодинці забираються в ходи, виконані у ґрунті іншими тваринами. Переважно у сухих місцях та на тій глибині, яка забезпечить низькі позитивні температури. Там, наскільки дозволяє порожнину, згортаються та впадають у заціпеніння.