Основне завдання системи водяного охолодження така сама, як і у повітряного: вона оберігає процесор від перегріву. Охолодний модуль СВО поглинає тепло процесора і відводить його за рахунок циркуляції води до радіатора, і далі за межі системи ПК.
Як правило, виробник дає гарантійний термін до 5 років, але на практиці погіршення якості охолодження може розпочатися вже на другий-третій рік використання. Згодом забивається водоблок або радіатор, рідше з ладу виходить помпа.
Водяне охолодження працює за схожим принципом з баштовими кулерами. Відмінність у тому, що тут охолодження відбувається не в єдиному з радіатором контурі, а завдяки переносу рідини, що охолоджує, по системі охолодження від теплозйомника до окремого радіатора, який обдувають вентилятори.
Але найчастіше рідинне охолодження буде ефективнішим. Насамперед це пов'язано з тим, що вода має більшу теплопровідність, ніж повітря. Крім того, в СЖО знаходиться більший обсяг холодоагенту і він швидше циркулює за системою, а отже, краще охолоджує центральний процесор.