Основне відмінність флеш-пам'яті від EEPROM полягає в тому, що стирання вмісту осередків виконується або для всієї мікросхеми або для певного блоку (кластера, кадру або сторінки). Звичайний розмір такого блоку становить 256 або 512 байт, однак у деяких видах флеш-пам'яті обсяг блоку може досягати 256КБ.
EEPROM — енергонезалежна пам'ять, призначена для журналування та зберігання різноманітних налаштувань. На відміну від Флеш пам'яті, вона має 100 000 циклів перезапису.
У EEPROM пам'яті найчастіше зберігаються дані користувача в стільникових апаратах, які не повинні стиратися при вимкненні живлення (наприклад адресні книги), конфігураційна інформація роутерів або стільникових апаратів, рідше ці мікросхеми застосовуються як конфігураційна пам'ять FPGA або зберігання даних DSP.