Затверджено 14 грудня 1992 року, коли був прийнятий закон «Про державний прапор Республіки Каракалпакстан». Прапор розроблений за ескізом відомого радянського, каракалпакського та узбекистанського художника – Жолиба Ізентаєва.
9 січня 1992 року перетворено на Республіку Каракалпакстан. 1993 року підписано міждержавний договір строком на 20 років про входження Республіки Каракалпакстан до складу Узбекистану. У договорі закріплено право виходу автономної республіки з Узбекистану шляхом референдуму.
на гербі Каракалпакстану зображено висхідне сонце над горами темно-синього кольору та давньою зороастрійською фортецею Чильпик — символом давньої історії та культури республіки, річка Амудар'я та Аральське море, оточені вінком, що складається праворуч із колосків пшениці, а ліворуч — з гілок бавовнику з розкритими