Для дослідження збирають свіжовиділений кал. За 3 – 4 дні до дослідження відмінити прийом проносних препаратів, касторової та вазелінової олії та припинити введення ректальних свічок. Кал, отриманий після клізми, а також після прийому барію (при рентгенівському обстеженні) для дослідження непридатний.
Щоб оцінити стан пристінної мікрофлори у тонкому кишечнику, проводять аналіз крові на дисбіоз. Цей сучасний і точний метод ґрунтується на використанні інноваційної методики – хромато-мас-спектрометрії маркерів мікробних клітин.
Але для оцінки ступеня тяжкості дисбактеріозу зазвичай потрібні лабораторні та інструментальні обстеження. Клінічний аналіз крові з розгорнутою лейкоцитарною формулою.